Μεχρι να καταλαβω οτι αν βγαλω τον δευτερο δισκο θα μπουταρει το συστημα κανονικα, τα ειχα δοκιμασει ολα στο bios οσον αφορα το sata mode, raid κτλ. με ολους τους δυνατους συνδιασμους και εκανα και bios update. Τιποτα ομως δεν δουλεψε και τα γυρισα ολα στο default. Η σειρα πρωτεραιοτητας στο boot ηταν σωστη, αλλωστε δουλευε τοσο καιρο κανονικα, δεν δημιουργηθηκε το προβλημα με το που εβαλα καινουργιο δισκο.