Placeholder σε example script

[tr3quart1sta]

Εχω μια λιστα απο αρχεια τα οποια τα χρησιμοποιω σαν input για καποιο προγραμμα, για παραδειγμα:

ENSG00000000003.fasta
ENSG00000000005.fasta
ENSG00000000419.fasta
ENSG00000000457.fasta
ENSG00000000460.fasta
...

και θελω να δειξω σε ενα ψευδο-script πως τα χρησιμοποιω σαν εισοδο και το εχω γραψει καπως ετσι:

mycommand < <geneID>.fasta

αλλα δεν μου αρεσει αρκετα το "<geneID>" γιατι εχει το "<" απο διπλα και μπερδευει λιγο.

Μπορειτε να προτεινετε εναν πιο "ομορφο" τροπο για αυτο το placeholder ωστε να "ταιριαζει" καπως και με bash?

Ευχαριστω!

[mad-proffessor]

Θα μπορούσες να τα βάλεις σε ενα array και να τα διατρέχεις αλλά και αυτό το syntax (της bash) δεν είναι και το πιο ευανάγνωστο (σε σχέση με γλώσσες όπως php, python, java π.χ).

Εφόσον είναι όμως ψευδοκώδικας, λίγη σημασία έχει, άστο όπως είναι.

[pmav99]

Αντι να φτιάξεις ένα «ψευδό-script» γιατί δεν φτιάχνεις ένα κανονικό script και να παίζεις με ENV variables;

for f in *.fasta; do
  my_command < $f
done

[tr3quart1sta]

Ευχαριστω, τελικα το αλλαξα σε

$geneID

😀

Οσο για το array/loop επειδη το τρεχω σε cluster εχω φτιαξει job arrays και το geneID το παιρνω ως εξης:

geneID=$(cat $genesList | awk -v geneName="$SLURM_ARRAY_TASK_ID" 'NR==geneName')

και ετσι μου το τρεχει για καθε .fasta ξεχωριστα (για ωρες)