Bioinfomatics+C-PYTHON

[mixsta22]

Καλημέρα στο φόρουμ  

Οπως και στο παρελθόν που αυτό το φόρουμ με βοήθησε στο μέγιστο έτσι και τώρα που έχω κάποιες απορίες είπα να καταφύγω σε εσάς

Οπως αναφέρω και στο τοπικ, είμαι μεταπτυχιακός φοιτητής στον κλάδο βιοπληροφορική, προέρχομαι από το τμήμα της επιστήμης των υλικών. Αυτα όσων αφορά εμένα.

Είναι το πρώτο εξάμηνο που διανύω και παρόλο που είμαι ευχαριστημένος από τα πάντα δεν μ άρεσε καθόλου το μάθημα που κάνουμε στην γλώσσα C. Γιατί το λέω αυτό ? 

Στο προπτυχιακό μου ασχολήθηκα 2 χρονια-4 εξάμηνα με την γλώσσα fortran και στο τέλος κατάφερα να φέρω εις πέρας μόνος μου μια προσομοίωση και με πολύ κόπο, αλλά το γούσταρα. Και περίμενα από το lvl 3 που βρίσκομαι να πήγαινα στο lvl 5 στο μεταπτυχιακό, δεν είναι έτσι….Στην πορεία μετά από συζήτηση με τον καθηγητή μου, μου είπε μην περιμένεις τπτ οσων αφορά τον προγραμματισμό να σε μάθουν παραπάνω απ’ ότι σου δίδαξα εγώ. Αμα θέλεις ψάξου μόνος σου.

 

Γι’ αυτό είμαι και εγώ εδώ για να μου πείτε κάποια βιβλία-tutorials, απόψεις και στο τέλος είμαι σίγουρος πως θα με βοηθήσετε όπως πάντα κάνει αυτό το φόρουμ...

Σας ευχαριστώ εκ των προτέρων!!!!

 

[CtrlFreak]

Η πληροφορική δεν είναι προγραμματισμός και βλέποντας το πρόγραμμα σπουδών του ΕΚΠΑ στην βιοπληροφορική περισσότερο βιολογία βλέπω παρά πληροφορική. 

 

Τώρα όσον αφορά βιβλία κτλπ το internet έχεις πήξει σ' αυτά. Γοογλαρέ τα γιατί δεν λες και τι ακριβώς ψάχνεις. 

[mixsta22]

Η πληροφορική δεν είναι προγραμματισμός και βλέποντας το πρόγραμμα σπουδών του ΕΚΠΑ στην βιοπληροφορική περισσότερο βιολογία βλέπω παρά πληροφορική. 

 

Τώρα όσον αφορά βιβλία κτλπ το internet έχεις πήξει σ' αυτά. Γοογλαρέ τα γιατί δεν λες και τι ακριβώς ψάχνεις. 

Συγκεκριμένα επειδή μίλησες για πρόγραμμα σπουδών να αναφέρω πως βρισκομαι σε αυτό το μεταπτυχιακό http://www.pez.upatras.gr/index.php/gr/courses 

Επίσης δεν είναι πως ζητάνε προγραμματιστές, απλώς εμένα από αυτά που έκανα προπτυχιακά μ άρεσε πολύ η ιδέα να το εξερευνήσω περαιτέρω…Επομένως δεν είναι ότι το κάνω λόγω ανάγκης αλλά πιο πολύ πως θα ήθελα να δω παραπάνω πράγματα στο κομμάτι του προγραμματισμού…Γνωρίζω πως υπάρχουν πολλά που μπορεί να βρει κανείς στο διαδίκτυο, απλώς είπα να ρωτήσω σε μία κοινότητα οπου υπάρχουν άνθρωποι με πολλές παραπάνω γνώσεις από εμένα σε αυτόν τον κλάδο… Οσων αφορά για το τι ακριβώς ψάχνω εχεις δίκιο, θέλω να ασχοληθώ με προσομοιώσεις πάνω στον κλάδο της βιο-ιατρικής...αλλά σε πρώτο στάδιο πρέπει να το δώ σαν μια πιο γενική εννοια και στην πορεία σίγουρα θα βρω αυτό που ψάχνω…

[CtrlFreak]

Πάντως οι περισσότεροι δεν ασχολούνται με προσομοιώσεις πόσο μάλλον σε βιο-ιατρικές κτλπ. 

 

Μία άκρη που θα μπορούσες να πιάσεις είναι οι αλγόριθμοι, διαχείριση δεδομένων, μηχανική μάθηση. 

 

Ρώτα εδώ:

https://www.reddit.com/r/bioinformatics/και εδώ

https://www.reddit.com/r/Simulations/

 

ή στο stackoverflow 

[ggeo1]

Kαλησπέρα ,

 

Για bioinformatics παίζει πάρα πολύ η Python και στο συνιστώ ανεπιφύλακτα.

Μπορείς να κάνεις τα πάντα, να γράψεις scripts , να αναλύσεις τα δεδομένα σου (και με πολύ όμορφα γραφήματα , http://matplotlib.org/gallery.html,http://bokeh.pydata.org/en/latest/docs/gallery.html ),να εφαρμόσεις στατιστική , να κάνεις simulations κτλ.

 

 

http://biology.stackexchange.com/questions/35875/what-are-the-programming-languages-important-to-learn-for-a-geneticist-or-bioinf

 

http://shop.oreilly.com/product/9780596154516.do

 

http://www.slideshare.net/giovanni/introduction-to-python-for-bioinformatics

 

https://www.biostars.org/p/50749/

 

http://www.onlamp.com/pub/a/python/2002/10/17/biopython.html

 

https://www.biostars.org/p/34/

[mixsta22]

Kαλησπέρα ,

 

Για bioinformatics παίζει πάρα πολύ η Python και στο συνιστώ ανεπιφύλακτα.

Μπορείς να κάνεις τα πάντα, να γράψεις scripts , να αναλύσεις τα δεδομένα σου (και με πολύ όμορφα γραφήματα , http://matplotlib.org/gallery.html,http://bokeh.pydata.org/en/latest/docs/gallery.html ),να εφαρμόσεις στατιστική , να κάνεις simulations κτλ.

 

 

http://biology.stackexchange.com/questions/35875/what-are-the-programming-languages-important-to-learn-for-a-geneticist-or-bioinf

 

http://shop.oreilly.com/product/9780596154516.do

 

http://www.slideshare.net/giovanni/introduction-to-python-for-bioinformatics

 

https://www.biostars.org/p/50749/

 

http://www.onlamp.com/pub/a/python/2002/10/17/biopython.html

 

https://www.biostars.org/p/34/

ΑΨΟΓΟΣ :D

[ggeo1]

Να σαι καλά

 

Επίσης,ξέχασα να σου γράψω ένα πολύ πολύ καλό βιβλίο για να ξεκινήσεις Python http://www.amazon.co.uk/Scientific-Programming-Computational-Science-Engineering/dp/3642549586/ref=sr_1_2?ie=UTF8&qid=1447363919&sr=8-2&keywords=primer+python

 

Για μένα το νούμερο 1 για επιστήμονες.

[tr3quart1sta]

Python και R. C δεν νομιζω να χρειαστεις ποτε σου.