Fedora 7, kernel και αναβάθμιση

[mariaig]

Γεια σας,

Χρησιμοποιώ ακόμη την έκδοση της Fedora 7 (για λόγους που δεν χρειάζεται να αναλύσω αλλά προς το παρόν θα λειτουργεί το laptop μου με αυτό το σύστημα). Θα ήμουν ευγνών αν μπορούσατε να με βοηθήσετε με τις παρακάτω ερωτήσεις:

Δεν έχω σπουδάσει πληροφορική, έχω εγκατεστημένο ένα πρόγραμμα βιομοριακής πληροφορικής στο laptop (το οποίο είναι Toshiba dual core i386). To βιομοριακό πρόγραμμα Χ δεν αναβαθμίζεται συχνά.

Σκέφτομαι/προβληματίζομαι 1) Επειδή τα Updates για το fc7 είναι πάρα πολλά και το Χ πρόγραμμα είναι βαρύ και δεν αναβαθμίζεται συχνά , μήπως δεν είναι συμβατό με τις αναβαθμίσεις, και γίνει crash στο σύστημα.

2) Μήπως επίσης το fc7 απο μόνο του αντιμετωπίσει πρόβλημα στο να υποστηρίξει όλα τα καινούρια updates.

3) Έχω ακούσει ότι υπάρχει πρόβλημα με τα upgrades στην fc7 και όχι τόσο τα Updates. Ποιά είναι η διαφορά?

4) Επίσης έχω διαβάσει ότι το glibc είναι επικίνδυνο να αναβαθμιστεί/αλλάξει έκδοση αλλά δεν ξέρω γιατί.

5) Ποιά η διαφορά μεταξύ του να αλλάξει έκδοση π.χ. ο κernel και να αναβαθμιστεί?

Όποτε ανοίγω το laptop με ρωτάει να δώ και αν θα κάνω τα updates.

 

Σχετικά με τα versions του kernel που έχει διαθέσιμα για update, αυτά είναι:

 

kernel-2.6.21-1.3194.fc.i686 (kai einai checked-είναι ο kernel που έχω γι'αυτό προφανώς είναι ticked,μάλλον γί'αυτόν δεν έχει άλλα updates)

kernel-debug-2.6.23.17-88.fc7.i686 (unticked, προφανώς τα unticked είναι διαθέσιμα Update για αναβάθμιση)

kernel-debug-devel-2.6.23.17-88.fc.i686 (development package for building kelrnel modules to match the kernel--unticked)

kernel-devel-2.6.21-1.3194.fc7.i686 (ticked)

kernel-doc-2.6.23.17-88.fc7.noarch (various documentation bits found in the kernel source-unticked)

kernel-headers-2.6.21-1.3194.fc7.i386 (header files for the Linux kernel for use by glibc-ticked)

kernel-PAE-2.6.23.17-88.fc7.i686 (The Linux kernel compiled for PAE capable machines-unticked/Aυτό είναι άλλη έκδοση kernel ή Update?)

kernel-PAE-debug-devel-2.6.23.17-88.fc7.i686(development package for building kelrnel modules to match the kernel--unticked. Aυτο είναι Update του kernel?)

kernel-PAE-devel-2.6.23.17-88.fc7.i686(development package for building kelrnel modules to match the kernel--unticked)

kernel-xen-2.6.21-7.fc7.i686- (The Linux kernel compile for Xen VM operations- unticked)

kernel-xen-2.6-doc-2.6.21-7.fc7.noarch (various documentation bits found in the kernel source-unticked)

kernel-xen-devel-2.6.21-7.fc7.i686 (development package for building kelrnel modules to match the kernel--unticked)

τα xen, devel, debug, χρειάζεται να γίνουν update? Τα kernel? Μήπως όλα αυτά τα updates υπάρχει κίνδυνος να επηρεάσουν την εγκατάσταση του X προγράμματος? ή μήπως η fc7 δεν μπορέσει να υποστηρίξει όλα αυτά τα updates?

 

Τέλος, θα ήθελα να ρωτήσω αν το yum είναι ο καλύτερος τρόπος να γίνουν τα updates, εκτός από το ότι έχω διαβάσει ότι δεν είναι απόλυτα ασφαλές νομίζω ότι είναι λίγο δύσκολο.

 

Και πάλι θα ήμουν ευγνώμων αν μπορούσατε να μου απαντήσετε στις παραπάνω ερωτήσεις,

ευχαριστώ,

περιμένω τις απόψεις σας,

mariaig

[aneurysm]

Μπορεις να μου πεις σε παρακαλώ ποιο προγραμμα βιοπληροφορικης χρησιμοποιεις? Μήπως το NAMD για προσομοιώσεις?

[warlock9_0]

τα kernel-pae είναι με υποστήριξη για παραπάνω μνήμη αν είσαι σε 32bit

[mariaig]

εθχαριστώ για την απάντηση,

το NAMD το γνωρίζω είναι ένα από τα καλύτερα προγράμματα που κυκλοφορεί στο διαδίκτυο, εγώ το βρίσκω λίγο δύσκολο στη λειτουργία του. Αν σε ενδιαφέρει ίσως θα μπορούσα να προσπαθήσω να σου πω δυο λόγια, αν και δεν είμαι η πλέον κατάλληλη σε MD προσομοιώσεις.

Δεν είναι αυτό το πρόγραμμα που έχω (αν δεν σε πειράζει δεν θα ήθελα να επεκταθώ περισσότερο γιατί είναι πολύ εξειδικευμένο).

Mήπως θα μπορούσες να με βοηθήσεις σε κάποιες από τις άλλες ερωτήσεις (2-5)?

 

ευχαριστώ,

περιμένω νέα σου,

mariaig

 

warlock_9,

ευχαριστώ για την απάντηση,

mariaig

[aneurysm]

Οκ, επειδη εχω χρησιμοποιήσει και το NAMD, και αρκετα εργαλεία για bioinformatics εγκατεστημένα σε scientific linux 4.2, θα σου πρότεινα επειδή το θέλεις για κάποια συγκεκριμένη δουλειά το μηχανάκι σου να το αφήσεις ως έχει. Θελεις να μου πεις με ποιο προγραμμα κανεις την δουλεια σου και σε καιει μην παθει καμια εμπλοκή?

[xouskarle]

1)Λογικά κάπου θα μπορείς να δεις τις απαιτήσεις-εξαρτήσεις-συμβατότητες του προγράμματος που χρησιμοποιείς (glibc, kernel κτλ.), σύμφωνα με αυτές μπορείς να κάνεις update επιλεκτικά τα πακέτα που σε ενδιαφέρουν ή και όλα. Από τη στιγμή που σου δουλεύουν όλα σωστά γιατί να αναβαθμίσεις;

 

2)Υπάρχει πάντα πιθανότητα να αντιμετωπίσεις κάποιο πρόβλημα με την αναβάθμιση. Αν και η έκδοση που χρησιμοποιείς είναι πολύ παλιά και τα updates κατά κύριο λόγο θα διορθώνουν τα όποια bug υπάρχουν μπορεί να αντιμετωπίσεις κάποια ασυμβατότητα με το πρόγραμμα που χρησιμοποιείς και κάποιο updated πακέτο. Όλα λύνονται αρκεί να ξέρεις πως. Αν δεν ξέρεις κάνεις ένα backup ότι χρειάζεσαι και κάνεις τα updates ή το αφήνεις όπως είναι.

 

3)update - αναβάθμιση πακέτων χωρίς να αλλάζεις έκδοση διανομής (fedora 7)

upgrade - αναβάθμιση έκδοσης διανομής (fedora 7 σε fedora 8)

ή

update - αναβάθμιση πακέτων σε μεγαλύτερο minor release number πχ kernel-2.6.21.1-1 σε kernel-2.6.21.2-1

upgrade - αναβάθμιση πακέτων σε μεγαλύτερο major release number πχ kernel-2.6.21.1-1 σε kernel-2.6.22.1-1

 

Τα major releases διορθώνουν bugs και εισάγουν καινούρια features. Τα minor κατά κύριο λόγο διορθώνουν bugs και μερικές φορές εισάγουν κάποια features από major releases (backporting).

Πιο πιθανό είναι να αντιμετωπίσεις πρόβλημα σε upgrade λόγω τον features που εισάγουν τα major releases.

 

4)Δεν νομίζω να έχεις κάποιο πρόβλημα, από 2.6-3 πάει σε 2.6-4, bug fixing ενημέρωση είναι.

 

5)Συνήθως αφορούν bug fixes ή-και εισαγωγή features. Τελευταία έκδοση απ' όσο βλέπω είναι η 2.6.23.17-88

Αν θέλεις μπορείς να απενεργοποιήσεις την ειδοποίηση ενημερώσεων για να μη σε ζαλίζει. Απενεργοποιείς το yum-updatesd από τα services (System-Administration-Services και το ξετικάρεις),αν είναι ενεργοποιημένο. Απενεργοποιείς και το Software Update Notifier από τα Startup Programs (System-Preferences-Personal-Sessions και το ξετικάρεις).

 

Τα τικαρισμένα είναι τα εγκατεστημένα, αν βάλεις το yum να κάνει update το kernel (kernel-2.6.21-1.3194.fc.i686) θα σου κάνει και τα άλλα που εξαρτώνται από αυτό: kernel-devel (kernel-devel-2.6.21-1.3194.fc7.i686) και kernel-headers (kernel-headers-2.6.21-1.3194.fc7.i386) τα οποία έχεις εγκατεστημένα.

 

Αν κάνεις update καλύτερα με το yum να το κάνεις (σε κονσόλα δηλαδής).

[aneurysm]

@ xouskarle,

 

Φιλε μου εχεις δικιο σε οτι γραφεις, απλά η γνωμη η δικιά μου είναι να το αφήσει ως εχει το συστημα γιατι τα περισσότερα προγράμματα βιοπληροφορικής ειναι γραμμένα για παλιά kernels και libraries, και μια αναβαθμιση τα αφήνει στον τόπο. Το έχω πάθει σε Fedora 3, καθως ενα προγραμματακι των 400kb αρνουνταν να τρεξει σε καποιον άλλον πυρήνα εκτός του 2.6.9.22.0.1. Οποτε αποψη μου ειναι να το αφήσει ως έχει μεχρι να ολοκληρώσει την δουλειά της εφοσον το προγραμμα της λειτουργεί σωστα.

[mariaig]

aneurysm,

ευχαριστώ για τη συμβουλή σου

Οκ, επειδη εχω χρησιμοποιήσει και το NAMD, και αρκετα εργαλεία για bioinformatics εγκατεστημένα σε scientific linux 4.2,

>θα σου πρότεινα επειδή το θέλεις για κάποια συγκεκριμένη δουλειά το μηχανάκι σου να το αφήσεις ως έχει.

 

Θελεις να μου πεις με ποιο πρόγραμμα κάνεις την δουλεια σου και σε καιει μην παθει καμια εμπλοκή?

 

Αν και δεν είναι επιθετικός ο τόνος μου θα ήθελα να πώ ότι το βρίσκω λίγο πιεστικό να επιμένεις για κάτι το οποίο όταν λέω ότι δεν έχει σημασία-δεν έχει σημασία.

Το θέλω για έλεγχο προηγούμενης πρόσφατης δουλειάς μου (αλλάζω κατεύθυνση στη δουλειά μου και είμαι ήδη αρκετά πιεσμένη-).

 

ευχαριστώ πάλι,

mariaig

[xouskarle]

...Από τη στιγμή που σου δουλεύουν όλα σωστά γιατί να αναβαθμίσεις;

Οποτε αποψη μου ειναι να το αφήσει ως έχει μεχρι να ολοκληρώσει την δουλειά της εφοσον το προγραμμα της λειτουργεί σωστα.

Συμφωνούμε.

[aneurysm]

@ΜαριαIg

 

Στο ινσομνια δεν κυκλοφορουν μονο πιτσιρικάδες με γνώσεις τερματικου, αλλά και βιολόγοι, γενετιστές, χημικοί / χημικοι μηχανικοί που να εχουν συναντήσει τις δυσκολίες που εχεις συναντήσει με τα προγραμματα που δουλέυεις.

Φιλικά, και καλή συνέχεια στο project σου.

[mariaig]

xouskarle,

ευχαριστώ πάρα πολύ για την αναλυτική απάντησή σου!

 

>2)Υπάρχει πάντα πιθανότητα να αντιμετωπίσεις κάποιο πρόβλημα με την αναβάθμιση. Αν και η έκδοση που >χρησιμοποιείς είναι πολύ παλιά και τα updates κατά κύριο λόγο θα διορθώνουν τα όποια bug υπάρχουν μπορεί να >αντιμετωπίσεις κάποια ασυμβατότητα με το πρόγραμμα που χρησιμοποιείς και κάποιο updated πακέτο. Όλα λύνονται >αρκεί να ξέρεις πως. Αν δεν ξέρεις κάνεις ένα backup ότι χρειάζεσαι και κάνεις τα updates ή το αφήνεις όπως >είναι.

 

Θα ήθελα να σε ρωτήσω τα files (και exe) link (με ένδειξη βέλος στο gui του linux) μήπως ξέρεις πως γίνονται backup? γιατί είναι linked σε target αρχείο.

 

>4)Δεν νομίζω να έχεις κάποιο πρόβλημα, από 2.6-3 πάει σε 2.6-4, bug fixing ενημέρωση είναι.

Τα -3, -4 δεν κατάλαβα από που είναι?

Απο αυτά που λές, γενικά θα συμφωνήσω μαζί σου, αλλά αφού υπάρχει και κάποια άλλη γνώμη διατηρώ και τις επιφυλάξεις μου.

 

ευχαριστώ για τις χρήσιμες πληροφορίες,

περιμένω νέα σου,

mariaig

 

Θέλω να εξηγήσω ότι δεν ξέρω για πόσο καιρό θα χρειαστώ το πρόγραμμα για να ελέγξω τα αποτελέσματα που θέλω και τι θα προκύψει.

Επειδη με ρωτάει το Linux για τα updates, και δεν έχω γνώση στο θέμα, και μου έχουν πεί ότι είναι βασικά τα updates για τη συντήρηση του Linux, γι'αυτό ρώτησα.

Επίσης ξέρω πως υπάρχουν βιοεπιστήμονες που έχουν συναντήσει μεγάλες δυσκολίες και είναι και στο insomnia.

ευχαριστώ,

mariaig

[xouskarle]

Θα ήθελα να σε ρωτήσω τα files (και exe) link (με ένδειξη βέλος στο gui του linux) μήπως ξέρεις πως γίνονται backup? γιατί είναι linked σε target αρχείο.

Δεν ξέρω και δεν έχω χρόνο να ψάξω σήμερα.

>4)Δεν νομίζω να έχεις κάποιο πρόβλημα, από 2.6-3 πάει σε 2.6-4, bug fixing ενημέρωση είναι.

Τα -3, -4 δεν κατάλαβα από που είναι?

Καθαρή εγκατάσταση fedora 7 έρχεται με glibc-2.6-3 (Name-Version-Release*-> glibc = name, 2.6 = version, -3 rpm release number). Αν πας να κάνεις update θα δεις ότι υπάρχει το glibc-2.6-4 στο οποίο διορθώνουν 2 bugs χωρίς να αλλάζουν-προσθέτουν κάτι που μπορεί να σε επηρεάσει.

 

*The release differentiates newer updates of the RPM itself.

Θέλω να εξηγήσω ότι δεν ξέρω για πόσο καιρό θα χρειαστώ το πρόγραμμα για να ελέγξω τα αποτελέσματα που θέλω και τι θα προκύψει.

Επειδη με ρωτάει το Linux για τα updates, και δεν έχω γνώση στο θέμα, και μου έχουν πεί ότι είναι βασικά τα updates για τη συντήρηση του Linux, γι'αυτό ρώτησα.

Ούτως ή άλλως έχεις πολύ παλιά διανομή, τα updates κάνε τα μόνο αν δεις ότι έχεις προβλήματα που σου λύνουν. Αν όλα λειτουργούν κανονικά άστο όπως είναι.

Απλά κλείσε τα update notifications, σου περιέγραψα πως στη προηγούμενη απάντησή μου:

Αν θέλεις μπορείς να απενεργοποιήσεις την ειδοποίηση ενημερώσεων για να μη σε ζαλίζει. Απενεργοποιείς το yum-updatesd από τα services (System-Administration-Services και το ξετικάρεις),αν είναι ενεργοποιημένο. Απενεργοποιείς και το Software Update Notifier από τα Startup Programs (System-Preferences-Personal-Sessions και το ξετικάρεις)

[mariaig]

xouskarie,

 

>Δεν ξέρω και δεν έχω χρόνο να ψάξω σήμερα.

'OTAN έχεις τον χρόνο και αν μπορείς.

 

>Καθαρή εγκατάσταση fedora 7 έρχεται με glibc-2.6-3 (Name-Version-Release*-> glibc = name, 2.6 = version, -3 rpm >release number). Αν πας να κάνεις update θα δεις ότι υπάρχει το glibc-2.6-4 στο οποίο διορθώνουν 2 bugs χωρίς να >αλλάζουν-προσθέτουν κάτι που μπορεί να σε επηρεάσει.

 

>*The release differentiates newer updates of the RPM itself.

 

>Ούτως ή άλλως έχεις πολύ παλιά διανομή, τα updates κάνε τα μόνο αν δεις ότι έχεις προβλήματα που σου λύνουν. Αν >όλα λειτουργούν κανονικά άστο όπως είναι.

>Απλά κλείσε τα update notifications, σου περιέγραψα πως στη προηγούμενη απάντησή μου:

εντάξει,

 

ευχαριστώ,

mariaig

[xouskarle]

Άργησα; Δεν άργησα.

Χωρίς να θέλω να σε πάρω στο λαιμό μου:

Δεν είναι ανάγκη να κρατήσεις αντίγραφο ασφαλείας από το πρόγραμμα αν μπορείς να το ξανά εγκαταστήσεις. Λογικά το μόνο που χρειάζεται να κρατήσεις σε κάποιο cd-dvd-online, είναι τα αρχεία - projects στα οποία δουλεύεις. Τώρα αν πρέπει να κάνεις backup σε όλα, και πρόγραμμα και αρχεία - projects δεν ξέρω να σε βοηθήσω, εξαρτάται και από το πρόγραμμα.

Αφού δουλεύει κανονικά και δεν έχεις πρόβλημα μην το πειράζεις το σύστημα.